在进行PCR时，有时会遇到一些问题，需要改变各种影响PCR的参数及条件，以保证反应产物的产量及特异性。
一、没有得到扩增产物
1． 酶失活或在反应体系中未加入酶。Taq DNA聚合酶因贮运不当而失活，往往调换新的酶，或用另一来源的酶则能获得满意的结果。
2． 模板中含有杂质。特别是甲醛固定及石蜡包埋的组织含有甲酸，会造成DNA脱嘌呤而影响PCR结果。有时因细胞组织杂质过多干扰模板与酶接触，此时应抽提及纯化DNA后再行扩增。
3． 变性温度是否准确，与PCR仪指示温度是否相符。温度过高则酶在前几个循环就迅速失活，过低则模板变性不彻底。
4． 反应系统中污染了蛋白酶及核酸酶。应在未加Taq酶以前，将反应系统加热至95℃并保持5-10分钟。
5． 引物变质失活。人工合成的引物是否正确，是否纯化，或因贮存不当而失活。
6． 使用PCR试剂盒时还应注意：
（1）是否严格执照说明书操作。
（2）试剂使用前是否充分混匀。
（3）试剂是否因贮存过久或不当而失效。
二、扩增产物在凝胶中涂布或呈片状
1． 酶量过高，减少酶量；酶的质量较差，调换另一来源的酶。
2． dNTP浓度过高。减少dNTP的浓度。
3． MgCl2浓度过高。可适当降低其用量。
4． 循环次数过多。增加模板量减少循环次数，缩短退火及延伸时间，或改用二种温度的PCR循环。
5． 复性（退火）温度过底。增加复性（退火）温度。
6． 电泳体系有问题：
（1）凝胶中缓冲液与电泳缓冲液浓度相差过大。
（2）凝胶没有凝固好。
（3）琼脂糖质量差。
7．若为PCR试剂盒则可能为：
（1） 由于运输储藏不当引起试剂盒失效。
（2） 试剂盒本身质量有问题，如引物选择、循环参数等选择不当。此外降解的陈旧模板扩增也易产生涂布现象。
三、溴酚兰前有区带（很宽）
1、模板量过低。增加模板DNA的用量。
2、循环次数太多。减少循环次数。
3、复性温度偏低。增加复性温度。
4、预变性后，没有立即上机循环。
5、引物3‘端与模板DNA不完全互补，重新设计合成较长的引物。
6、引物用量偏多。降低引物用量。
四、扩增产物出现多带
1． 引物用量偏大，引物的特异性不高。应调换引物或降低引物的使用量。
2． 循环次数太多。适当增加模板量，减少循环次数。
3． 酶的用量偏高或酶的质量不好。应降低酶量或调换另一来源的酶。
4． 退火温度偏低，退火及延伸时间偏长。应提高退火温度，减少变性与延伸时间，也可采用二种温度循环的PCR扩增。
5． 样品处理不当。
6． Mg2+浓度偏高。应适当调整Mg2+浓度。
7． 若使用的是PCR试剂盒，也可能是试剂本身质量有问题。
五、PCR假阳性结果
1． 引物设计不当，应调换引物。
2． 循环参数不合适，导致非特异性扩增。
3． 靶序列的交叉污染。
六、PCR假阴性结果
1． 引物长度不够。
2． 试剂浓度不够。
3． 循环参数设计错误。
4． 靶序列突变、缺失等。
5． 标本中有Taq酶的抑制剂。
6． PCR产物检测系统灵敏度不够。
假阳性与假阴性的出现，只要找到发生的原因，并有针对性地加以预防和控制，即可防止发生。